L'histoire se déroule dans un monde d'après-guerre où des jeunes femmes appelées Poupée de souvenirs automatiques aident des personnes à mettre sur papier leurs sentiments. Nous suivons le quotidien de Violet Evergarden, ex-soldate sans émotion, Ainsi, elle explore différentes émotions issues des gens qu'elle rencontre. Mais son passé trouble la rattrape.

Plusieurs années après la fin de la guerre, le quotidien des gens est peu à peu impacté par le développement des nouvelles technologies. Violet quand à elle, espère encore que Gilbert soit toujours en vie et n'a de cesse de penser à lui. Ce sentiment de manque ne la quitte jamais, de jour comme de nuit. Un jour, la jeune femme reçoit un appel pour du travail et part à la rencontre de nouveau client : un garçon nommé Julis. Pendant ce temps, une lettre inconnue vient d'être retrouvée à l'entrepôt postal...

Kumiko, paraplégique depuis l'enfance, vit avec sa grand-mère, qui la sur-protège du monde extérieur. Elle sort peu et s'est créée son propre univers, aidée par la lecture, sa fascination pour la mer et son imagination débordante. Elle demande qu'on l'appelle Josée, du nom d'une jeune héroïne d'un roman de Sagan. Tsuneo, brillant étudiant en biologie marine, aimerait poursuivre ses études au Mexique où il pourrait vivre son rêve, plonger dans les eaux tropicales. Pour cela il lui faut de l'argent et il cherche donc des petits boulots. Un soir, il tombe littéralement sur Josée et la sauve d'une horrible chute. Suite à cette rencontre accidentelle, la grand-mère de Josée engage Tsuneo comme aide-soignant. Josée se révèle autoritaire et têtue, mais Tsunéo est d'une grande patience. Ils apprennent à se connaître et même à s'apprécier. Un jour, il emmène Josée à la mer...

Des activistes amérindiens s'opposent à un projet d'oléoduc sur leur territoire ancestral. Le soir autour du feu, ils se réunissent autour de leur Grand-Père qui leur fait le récit de la Création. Le conte rappelle à tous la place de l'Homme sur la Terre et son rôle dans la destruction de la nature.

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d'ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de La bouée du Pacifique, une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l'île avec les Détectives Juniors apprend qu'une employée d'Europol a été assassinée en Allemagne l'Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu'une ombre noire plane sur Ai Haibara...

Lors du réveillon du Nouvel An, Izumi retrouve sa mère Yuriko errant dans un parc par un froid glacial. Quelques mois plus tard, elle est diagnostiquée comme souffrant d'Alzeihmer et sa mémoire décline rapidement. Pour son fils, les souvenirs de la mère qui l'a élevé seule sont toujours aussi vivaces. L'un d'eux en particulier, lorsqu'il croyait qu'elle avait disparu, le hante terriblement. Alors que Yuriko sombre lentement dans l'oubli, Izumi doit accepter de perdre à nouveau sa mère, cette fois pour toujours. En prenant soin de sa mère - au moment où lui-même s'apprête à devenir père - Izumi tente de comprendre ce qui l'a éloigné d'elle et s'interroge sur le sens de leur relation, pour retrouver l'essentiel de ce qui leur reste.

Claudine consacre toute sa vie à son fils. Toutefois, chaque mardi, elle s'offre une plage de liberté et se rend dans un hôtel de montagne pour y fréquenter des hommes de passage. Lorsque l'un d'eux décide de prolonger son séjour pour elle, Claudine en voit son quotidien bouleversé et se surprend à rêver à une autre vie.