Durant plus d'un demi-siècle, la vie d'Emile Roux est étroitement liée à l'histoire de l'Institut Pasteur, dans ses avancées scientifiques, sa construction et son expansion, et réciproquement. Son ascétisme lui vaut parfois d'être qualifié de moine laïc et beaucoup voient en lui le sauveur de l'enfance humaine, ce qui lui vaudra des funérailles nationales.