La loi "3DS" comporte un titre II consacré à la "transition écologique" (articles 25 à 64), qui contient des dispositions particulièrement variées. Au-delà de ces évolutions propres aux personnes publiques locales chargées du grand cycle de l'eau, la gouvernance des agences de l'eau et des comités de bassin est modifiée. La réglementation relative aux sites Natura 2000 est modifiée pour décentraliser leur gestion lorsqu'ils sont exclusivement terrestres, en la confiant aux régions.