Negi Sprinfield, petit génie, sort d'une école de magie en Ecosse. Il effectue son stage de fin d'études comme professeur d'anglais dans un collège de filles de l'académie Mahôra au Japon. Il a beaucoup de mal à maîtriser sa classe de 31 filles du haut de ses 10 ans. L'une d'elles, momentanément contrainte d'héberger Negi, découvre qu'il est magicien et se livre aussitôt à un odieux chantage.