Afin de refermer les portes ouvertes par le Ver, de nouveau réveillé, Suzume et Sôta se sont mis en route depuis Kyûshû. Persuadés que les portes s'ouvrent là où passe Daijin, la pierre de voûte transformée en chat, nos deux héros se sont lancés à la poursuite du matou, et débarquent à présent à Kobe ! Mais une étrange métamorphose s'est engagée dans le corps de Sôta, changé en chaise…

Sur les traces de Daijin, Suzume et Sôta ont verrouillé les portes dérobées à travers le pays les unes après les autres. Mais pour contenir le cataclysme, Suzume n'a eu d'autre choix que de planter Sôta, devenu la nouvelle pierre de voûte, dans le Ver... Afin de libérer Sôta, désormais prisonnier du Monde Éternel, Suzume va devoir retourner dans son village natal, au cœur du Tôhoku !