Dans un futur proche… Le village de Bacurau dans le sertão brésilien fait le deuil de sa matriarche Carmelita qui s'est éteinte à 94 ans. Quelques jours plus tard, les habitants remarquent que Bacurau a disparu de la carte.

Portugal. 1917, trois jeunes bergers de Fatima racontent avoir vu la Vierge Marie. Leurs révélations vont toucher de nombreux croyants mais également attirer la colère des représentants de l'Eglise et du gouvernement. Ils vont tout faire pour essayer d'étouffer l'affaire et obliger les trois enfants à se rétracter. Mais la rumeur s'est propagée dans tout le pays. Les pèlerins affluent à Fatima en espérant être les témoins d'un miracle.

Après avoir été envoyée à Rome pour entrer au service de l'Église, une jeune Américaine se retrouve bientôt confrontée à des forces obscures qui l'amènent à remettre en question sa propre foi et à lever le voile sur une terrifiante conspiration qui entend donner naissance à l?incarnation du Mal.