Après avoir répondu à un signal de détresse émis par l'U.S.S. Enterprise, l'équipage de l'U.S.S. Discovery se joint au capitaine Christopher Pike pour une nouvelle mission d'enquête sur de mystérieux signaux rouges ainsi que sur l'apparition d'une entité surnommée l'Ange Rouge. Alors que tous doivent travailler ensemble pour comprendre le sens et l'origine de ces signaux, Michael Burnham fait face à son passé avec le retour de son frère Spock...

Après un siècle de silence, les Klingons refont surface. Déterminés à réunifier leur empire, ils déclarent la guerre à la Fédération des Planètes Unies. Officier en disgrâce de Starfleet, Michael Burnham se retrouve au centre du conflit.

Ray, jeune adolescente transgenre, souhaite devenir un homme. Accompagnée de sa mère et de sa grand-mère, Ray va devoir faire accepter à sa famille cette transition afin qu'elle puisse s'épanouir. C'est un chemin semé d'embûches pour cette famille dont le père n'a jamais été fort présent. Ainsi chacun tentera de s'opposer à la réalité, ne l'acceptant pas avant de finalement comprendre qu'il faudra se serrer les coudes pour passer ensemble cette épreuve.

À nouveau, la légende de Faust refait surface. Dans le cauchemar urbain du 21ème siècle, la fiancée de John Jaspers est sauvagement assassinée. Profondément meurtri, Jaspers décide de se suicider. Apparaît alors l'étrange mister M. qui en échange de son âme, lui propose la force et les armes pour la venger...