Shrek, le célèbre ogre vert, est dorénavant marié à la princesse Fiona. Leur vie s'écoule paisiblement jusqu'au jour où le père de celui-ci, le roi de Far Far Away, tombe gravement malade. Le trône est alors laissé vacant et c'est à Shrek que revient la lourde tâche de trouver un successeur au souverain.

En discutant avec une nouvelle amie fleuriste, une abeille nommée Barry apprend que depuis toujours, les humains s'emparent du miel fabriqué par ses amies. Révolté, Barry décide d'engager un procès.