Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d'ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de La bouée du Pacifique, une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l'île avec les Détectives Juniors apprend qu'une employée d'Europol a été assassinée en Allemagne l'Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu'une ombre noire plane sur Ai Haibara...

Batman est envoyé dans le passé, quittant les États-Unis contemporains pour le Japon féodal, et doit combattre le Joker. Mais les deux antagonistes ne sont pas seuls puisque Robin, Nightwing, Red Hood, ou encore Catwoman rejoignent le Chevalier Noir, tandis que le Pingouin, Harley Quinn, et Double-Face semblent s'allier au Joker. (Electre)