Craig Schwartz, un marionnettiste méconnu, décroche un boulot d'employé de bureau. Fatigué de ses dix ans de mariage avec Lotte, il craque pour la superbe Maxine mais elle le repousse. Découragé, Craig s'enferme dans son bureau au 7ème étage. C'est là qu'il découvre alors une porte qu'il n'avait jamais remarquée. Il l'ouvre et se retrouve aspiré dans un tunnel noir et humide, pour se retrouver de l'autre côté... dans la peau de John Malkovich. Son aventure commence !