Lorsque sa mère et son amie Ixchel sont enlevées par les membres d'une secte, Joshua décide de se rendre en échange des otages. Mais l'opération tourne mal et Joshua se réveille dans un hôpital après avoir subi des modifications génétiques. L'adolescent s'enfuit, découvre la clé pour voyager dans le temps, et peut ainsi retrouver son père avant qu'il ne soit assassiné.

Rentré du Mexique, Joshua a de nouvelles informations qui le confortent dans l'idée que son père n'est pas mort dans un accident d'avion. Son enquête le conduit chez un archéologue et le relance dans la recherche du Codex de Ix. Il doit de nouveau se rendre dans la cité enterrée d'Ek Naab...