Moment de joie pour Sissi et Franz avec l'arrivée d'un héritier pour le trône. Mais ce bonheur est menacé par des luttes de pouvoir en Europe. Bismarck menace d'entraîner l'Autriche dans une nouvelle guerre et Sissi est reléguée en coulisses. La jeune femme se rend pourtant en Hongrie pour une mission politique tout en luttant contre l'attirance qu'elle ressent pour le comte Andrassy. Ils vont être tous les deux placés en captivité...

Dans cette nouvelle saison, en France, la proclamation d'une République et la chute soudaine de Napoléon III sèment le trouble jusqu'à Vienne. En conséquence, François-Joseph impose à son fils Rodolphe de débuter sa formation à l'Académie militaire pour se préparer à son futur rôle de monarque, malgré l'opposition de Sissi. En même temps, face aux protestations des ouvriers sur l'imposant chantier de l'exposition universelle de Vienne, il demande au comte Grunne de s'infiltrer pour découvrir qui a fomenté cette rébellion. L'aventure continue pour Sissi, la plus célèbre des princesses, qui défie les usages de la cour impériale avec son caractère passionné et indépendant.