Après la mort de son maître Shusaku, Taro s'est réfugié dans la montagne des ninjas et ne pense qu'à retrouver sa mère et à mettre la main sur la boule du Bouddha qui serait la source d'un pouvoir illimité sur le monde pour qui la possède. Avec son ami Hiro et la fille de sire Oda, la belle Hana, le jeune ninja vampire se lance dans une nouvelle quête, aidé par les moines du mont Tendai.

Plusieurs mois ont passé depuis la mort de sire Oda. Tokugawa, débarrassé de son principal rival, est plus puissant que jamais. Shusaku est parti seul, accomplir une mystérieuse mission à Edo. Après leurs aventures mouvementées, Taro, Hiro et Hana mènent une vie calme et retirée au monastère. Mais cette parenthèse heureuse ne va pas durer. Un dragon menace la ville d'Edo.

Le même jour, Taro voit son père assassiné sous ses yeux puis il est transformé en vampire par un ninja. Ce dernier l'emmène avec son ami Hiro vers la montagne sacrée afin de l'abriter de ceux qui veulent sa mort. Pris dans un conflit entre seigneurs rivaux pour la domination sur l'empire du Japon, Taro s'entraîne pour devenir un ninja et découvre qu'il est appelé à devenir le nouveau shogun.