Même s’il est d’usage de l’associer à la cause indigène, le néozapatisme ne se résume pas à la défense de celle-ci. Mouvement révolutionnaire à l’origine, il a certes épousé le combat pour le respect des droits des peuples indigènes du Chiapas, mais son objectif principal est devenu la lutte contre le néolibéralisme dans la logique de la mouvance altermondialiste, ce dont ont profité les indigènes, qui ont vu leurs conditions de vie sensiblement améliorées par la mise en place de structures de gestion alternatives dans certaines régions du Chiapas.