De Liverpool aux confins de l'espace, en passant par la guerre de Crimée et une planète nommée Atropos qui ne devrait pas même exister, combattant d'anciens ennemis et des créatures provenant de dimensions inconnues, le Docteur et ses compagnons se retrouvent dans une course contre (et à travers) le temps afin de découvrir un mystère se répandant dans l'univers : qu'est-ce que le Flux ?

Les pirates des Sept Mers ont du souci à se faire. Leur avenir est gravement menacé depuis que le terrifiant Hollandais Volant et son capitaine, Davy Jones, voguent au service de l'ambitieux Lord Cutler Beckett : ils écument les flots massacrant sans pitié tous les pirates qu'ils croisent. Pour les contrer, une seule solution : réunir les Neufs Seigneurs du Tribunal de la Confrérie. Mais l'un d'eux, le capitaine Jack Sparrow, manque à l'appel, retenu dans l'antre de Davy Jones. Will Turner, Elizabeth Swann et le capitaine Barbossa devront alors partir le chercher là où il est prisonnier, et ceci même s'ils doivent aller jusqu'au bout du monde, voire au-delà...

Débarrassé de la malédiction du Black Pearl, le capitaine Jack Sparrow est subitement confronté à son passé. Treize ans auparavant, Jack signait un pacte avec Davey Jones, le maître des sept mers. En échange de son âme, ce dernier lui promettait le commandement du mythique Black Pearl. Aujourd'hui, Jones vient donc récupérer sa dette. Mais donner son âme à Jones est sans issue, il n'y a pas de rédemption possible, c'est devenir comme tous les membres de son équipage maudit, un fantôme au physique aussi repoussant que terrifiant. Pour éviter de sceller ce pacte, Jack n'a qu'une solution : retrouver le coffre maudit de Jones où sont cachées les âmes emprisonnées. Commence alors une course contre la montre, dans laquelle Jack entraînera le fougueux Will Turner et la ravissante Elisabeth Swann. Mais ils n'ont aucune idée de l'ampleur des épreuves qui les attendent cette fois...

Dans cette nouvelle aventure, le capitaine Jack Sparrow se retrouve, malgré lui, en quête de la mystérieuse fontaine de jouvence. Sur son chemin, le célèbre capitaine va retrouver une ancienne conquête, Angelica : leurs liens sont-ils faits d'amour ou cette femme n'est-elle qu'une aventurière sans scrupules qui cherche à l'utiliser pour découvrir le secret de la jeunesse éternelle ? Lorsqu'elle l'oblige à embarquer à bord du Queen Anne's Revenge, le bateau du terrible pirate Barbe-Noire, Jack ne sait plus ce qu'il doit craindre le plus : le redoutable maître du bateau ou cette femme surgie de son passé... Ou peut-être doit-il craindre son ennemi de toujours Barbossa, qui n'est jamais très loin...