Il s'est sacrifié pour sauver le monde et protéger ceux qu'il aimait. An 2 de l'ère Kôwa. Aujourd'hui, le monde est unifié autour de la Fédération des Nations Unies et connaît des jours de paix comme jamais auparavant, du moins en apparence... La conseillère Nunnally vi Britannia est en visite diplomatique dans un camp de réfugiés avec Suzaku Kururugi, devenu conseiller en chef des Chevaliers Noirs sous les traits de l'homme masqué Zero. C'est alors que de mystérieux Knightmare Frames attaquent le camp et kidnappent les deux représentants. Le terrible royaume de Zilkhstan serait-il à l'origine de cette crise ? Pour investiguer, les autorités dépêchent une équipe dirigée par Kallen sur les lieux. Ils feront là-bas la rencontre d'un visage familier...

Roma est un jeune garçon qui vit à la campagne. Avec son ami d'enfance Toto ils se font appeler les « DonGlees » et ils organisent un petit spectacle de feu d'artifice tous les étés. A l'issue de sa première année de lycée, Toto revient de Tokyo où il étudie. Un nouveau venu, Drop, se joint aux DonGlees pour filmer avec son drone le spectacle vu du ciel. Mais cette fois-ci, rien ne va, les feux d'artifices ne fonctionnent pas et le drone est emporté par le vent. Au même moment, un feu de forêt se déclenche pour une cause indéterminée. La toile s'affole et blâme les DonGlees. Roma, Toto et Drop partent à la recherche du drone pour prouver leur innocence.