Cinq mois se sont écoulés depuis qu'Oliver a révélé au monde entier être le Green Arrow. Désormais derrière les barreaux, il laisse à ses anciens partenaires la lourde tâche de protéger Star City. Alors que l'équipe d'Arrow se retrouve face à un groupe légendaire d'assassins recruté par Ricardo Diaz, un mystérieux justicier semble avoir repris le flambeau afin de vaincre la criminalité à Star City.

Cela fait maintenant 6 mois que le Général Dru-Zod est aux commandes de Krypton. Il a pour mission de reconstruire cette planète selon ses idéaux et d'assurer un avenir en conquérant l'univers. Face à ces sombres perspectives, Seg-El, le grand père de Superman, tente de réunir un groupe afin de vaincre Lyta-Zod et de redonner espoir à leur planète. Mais la situation s'aggrave lorsque Lobo, chasseurs de primes invulnérable, fait son entrée.

Plus d'un an s'est écoulé depuis le retour miraculeux du vol 828 et la découverte d'autres personnes qui sont mystérieusement revenues. Alors que la famille Stone tente de garder ses amis en sécurité et de faire croire à l'impossible, de nouveaux défis vont mettre à l'épreuve leur confiance. Mais quoi qu'il arrive, tout est lié...