M. et Mme Noé possèdent le plus grand, le plus étrange et le plus merveilleux des magasins d'animaux domestiques. Ils ont presque tout pour être heureux, mais il leur manque des petits-enfants. Sophie, elle, se sent bien seule entre ses parents très occupés. Son rêve est d'avoir un animal domestique et de visiter le magasin d'animaux...

Nim vit seule avec son père sur une île tropicale. Un jour, il part en mer étudier les planctons, mais une tempête se lève et l'empêche de rentrer. La petite fille commence à se sentir seule et à s'inquiéter malgré le soutien de ses amis (une otarie, un iguane et une tortue). C'est alors qu'elle entre en contact avec une écrivain célèbre, qui décide de la rejoindre sur l'île...