Expulsé des forces spéciales pour avoir dénoncé un vol commis par des officiers influents, Mick Wolfe est de retour à Chicago. Dans la ville quadrillée par le réseau de surveillance vidéo de la Blume Corporation, il tente de retrouver le hacker Aiden Pearce, qui se cacherait sous l'identité du justicier Vigilante.

La Seconde Guerre mondiale s'achève, avec son cortège de changements. Roosevelt lance son New Deal, les bombardements d'Hiroshima et Nagasaki ont rebattu les cartes de la politique internationale et créé la peur d'une annihilation totale. Les gens commencent à se méfier de ces nouvelles agences gouvernementales... Bref, le monde moderne est en marche et la population s'adapte, tout en regrettant leurs libertés d'avant. Parmi les nostalgiques, il y a Andrew Ryan, un immigré qui a fait fortune à la seule force du poignet. Admiré de tous, il souhaite créer un monde sans contrainte, censure ou restriction morale... une utopie libre de gouvernement. C'est dans cette optique qu'il fait bâtir Rapture, une lumineuse cité sous-marine. Mais bien vite, son utopie est frappée par une terrible tragédie...