Après la disparition de sa mère dans un incendie, Mahito, un jeune garçon de 11 ans, doit quitter Tokyo pour partir vivre à la campagne dans le village où elle a grandi. Il s'installe avec son père dans un vieux manoir situé sur un immense domaine où il rencontre un héron cendré qui devient petit à petit son guide et l'aide au fil de ses découvertes et questionnements à comprendre le monde qui l'entoure et percer les mystères de la vie.

Lors du réveillon du Nouvel An, Izumi retrouve sa mère Yuriko errant dans un parc par un froid glacial. Quelques mois plus tard, elle est diagnostiquée comme souffrant d'Alzeihmer et sa mémoire décline rapidement. Pour son fils, les souvenirs de la mère qui l'a élevé seule sont toujours aussi vivaces. L'un d'eux en particulier, lorsqu'il croyait qu'elle avait disparu, le hante terriblement. Alors que Yuriko sombre lentement dans l'oubli, Izumi doit accepter de perdre à nouveau sa mère, cette fois pour toujours. En prenant soin de sa mère - au moment où lui-même s'apprête à devenir père - Izumi tente de comprendre ce qui l'a éloigné d'elle et s'interroge sur le sens de leur relation, pour retrouver l'essentiel de ce qui leur reste.