Accompagnées de Gen et du docteur Samura, le commandant Kusagae et ses troupes se dirigent vers Tsushima dans le but de sauver les derniers insulaires. Si le jeune Gigantis est déterminé à retrouver sa soeur, il craint également de ne pas maîtriser sa nouvelle force. Et de son côté, le chef militaire espère de cette mission qu'elle l'aide à surmonter ses échecs. Mais le passé pourrait bien se retourner contre lui... Des IAS et des humains coincés entre les rives de Tsushima, qui sera le prédateur et qui sera la proie ?

Tandis que les IAS menacent de décimer Fukuoka, le docteur Samura déclenche la gigantisation de Gen qui s'annonce la plus prometteuse de l'histoire... sous réserve qu'il y survive ! De son côté, à l'intérieur de l'aéroport infecté de mutants, le commandant Kusagae et ses troupes leur découvrent un surprenant point faible. Y aurait-il enfin une lueur d'espoir pour le Japon et pour l'humanité ?