Un beau jour, le miroir dans la chambre de Kokoro se met à scintiller. À peine la jeune fille l'a-t-elle effleuré qu'elle se retrouve dans un formidable château digne d'un conte de fées. Là, une mystérieuse fillette affublée d'un masque de loup lui soumet un défi. Elle a un an pour l'accomplir et ainsi réaliser un souhait. Seulement Kokoro n'est pas seule : six autres adolescents ont le même objectif qu'elle.

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d'ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de La bouée du Pacifique, une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l'île avec les Détectives Juniors apprend qu'une employée d'Europol a été assassinée en Allemagne l'Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu'une ombre noire plane sur Ai Haibara...