Florence, Mathias, Stéphane, Julien et Frank sont des enfants en difficulté qui embarquent avec Ago sur le Capitaine Nemo, le bateau qu'ils ont constuit pour aller étudier les baleines. Leur voyage est sans cesse rythmé par des découvertes et des aventures jusqu'aux îles Canaries où ils sont confrontés à une secte qui tente de détruire le monde en manipulant des dauphins.