Plusieurs années après la fin de la guerre, le quotidien des gens est peu à peu impacté par le développement des nouvelles technologies. Violet quand à elle, espère encore que Gilbert soit toujours en vie et n'a de cesse de penser à lui. Ce sentiment de manque ne la quitte jamais, de jour comme de nuit. Un jour, la jeune femme reçoit un appel pour du travail et part à la rencontre de nouveau client : un garçon nommé Julis. Pendant ce temps, une lettre inconnue vient d'être retrouvée à l'entrepôt postal...

Rikka est la petite fille du clan ninja Isurugi. Entraînée depuis son plus jeune âge par son grand-père afin de prendre la relève, elle souhaite toutefois devenir une éminente scientifique, comme son père. Mais un jour, sa famille est attaquée par Gradshiem, société à laquelle appartenait autrefois son père, et dont le but est de voler les recherches de ce dernier. Ayant pu s'échapper grâce à ces inventions, Rikka n'a plus qu'un seul but : traquer les responsables du meurtre de sa famille et devenir Black Fox !