Alors que le clan Zeon est endeuillé par la mort du jeune héritier Garma Zabi, Gihren, son frère aîné, prononce un discours capital qui remotive ses troupes. De son côté, Ramba Ral, officier et fils d'un opposant de la famille Zeon, a l'intention de se refaire un nom en détruisant le White Base et le Gundam.

L'équipage du White Base est inquiet : les radars indiquent toujours des vaisseaux Zeon. Profitant d'une relative accalmie, Amuro rend visite à sa mère. Garma Zabi veut à tout prix mettre la main sur le White Base et le Gundam. L'opportuniste Char Aznable accepte de l'aider.

Amura est un jeune garçon qui se retrouve au coeur d'un conflit opposant les forces terrestres à la puissance du Duché de Zéon, colonie spatiale réclamant son indépendance. Pourra-t-il, avec le prototype top-secret dont il s'empare, le Gundam, sauver ses amis et changer le cours de la guerre ?

Char et Seila, héritiers de Zeon Zum Deikun, doivent faire face aux intrigues et complots organisés pour reprendre le pouvoir de la colonie.

Le transporteur spatial militaire, White Base, avec à son bord des rescapés civils de la colonie Side 7, est dans une situation critique : il doit faire face au redoutable Char, l'as des as des forces Zeon. Il ne pourra compter que sur l'aide d'Amuro, un jeune garçon très doué pour piloter le Gundam...

L'enfance tumultueuse de Casval, le futur Char, et d'Altecia se poursuit tant bien que mal. Mais même sous de fausses identités, les membres de la famille Zabi qui ont usurpé le pouvoir ne leur laissent aucun répit.

Le White Base est enfin aux portes de Jaburo. Les forces de Zeon, bien décidées à ne pas le laisser passer, envoient leurs troupes d'élite à la poursuite du vaisseau. C'est sans compter Hamon, résolue à venger l'amour de sa vie, Ramba Ral, mort au combat. Le bilan sera lourd pour Amuro et ses amis.

Après un combat galactique avec les forces Zéon conduites par Char, la Comète Rouge, le Gundam Blanc piloté par Amuro et la White Base rejoignent enfin la Terre, mais ils débarquent en plein territoire ennemi, à plusieurs milliers de kilomètres de Jaburo, la base des forces fédérées. Le colonel Garma des forces Zéon va tout faire pour les empêcher de rejoindre cette base...

Le jeune orphelin Casval a changé d'identité pour entrer à l'académie militaire de Zéon. Il y fait la connaissance de Garm Zabi, l'héritier de ses ennemis jurés qui ont fait assassiner son père.