Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away. Mais ils ne se doutent pas que leur fille est devenue une ravissante ogresse... Ce mariage met par ailleurs en péril l'avenir et les projets les plus secrets du Roi...

Alex, Marty, Melman et Gloria cherche à tout prix de rentrer au zoo de Central Park. Accompagnés des pingouins, ils rejoignent un cirque qui voyage à travers l'Europe et tentent d'échapper au Capitaine Dubois, responsable d'une brigade animalière, qui voudrait les capturer.