Pour savoir avec certitude si sa réalité propre est une construction physique ou mentale, et pour véritablement se connaître lui-même, M. Anderson devra de nouveau suivre le lapin blanc. Et si Thomas... Neo... a bien appris quelque chose, c'est qu'une telle décision, quoique illusoire, est la seule manière de s'extraire de la Matrice - ou d'y entrer... Bien entendu, Neo sait déjà ce qui lui reste à faire. Ce qu'il ignore en revanche, c'est que la Matrice est plus puissante, plus sécurisée et plus redoutable que jamais. Comme un air de déjà vu...

À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces temps, des êtres se croisent et se retrouvent d'une vie à l'autre, naissant et renaissant successivement... Tandis que leurs décisions ont des conséquences sur leur parcours, dans le passé, le présent et l'avenir lointain, un tueur devient un héros et un seul acte de générosité suffit à entraîner des répercussions pendant plusieurs siècles et à provoquer une révolution. Tout, absolument tout, est lié...

Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l'Elu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

L'action se situe à Londres dans une société dystopique, où un combattant de la liberté se faisant appeler V cherche à mettre en place un changement politique et social en menant une violente vendetta personnelle contre le gouvernement fasciste en place.