Transposition du monde des humains, Catacomb City est une mégalopole souterraine habitée par des rats intelligents. Elle est dirigée d'une main de fer par l'implacable Killdeer, sous l'influence de son maître à penser, Billycan. Trois jeunes orphelins fuient l'oppression et rejoignent la résistance, menée par Juniper, qui veut rétablir la démocratie.

Juniper et ses alliés ont réussi à éliminer le commandant Killdeer, mais Billycan est toujours le maître des Catacombes. Juniper charge Carn, un jeune rat courageux, d'aller espionner l'ennemi pendant qu'il fait alliance avec les serpents, en vue du prochain combat.