Après la mort du shogun Iémochi, le peuple est de plus en plus agité, et cest une foule bruyante qui quitte bientôt Edo. Pendant ce temps, Jin est de retour à Yokohama et retrouve Nokazé, étant invité au mariage de cette dernière. Mais alors que leur joie est à son comble, le drame embrase Yokohama !

Voilà trois ans que le médecin des temps modernes, Jin Minakata, a été transporté vers la fin de l'ère Edo. Finalement résolu à y vivre, Jin s'investit avec ferveur dans la production de poudre de pénicilline qui serait à même de transformer le paysage médical de l'époque. Mais à l'occasion d'un voyage de consultation à destination du fiel de Kawagoé, il fait la rencontre d'une étrange petite fille ! Un nouveau chapitre bouleversant marqué par le sceau du destin s'ouvre, le "Chapitre du mirage" !

Ryoma se remet de sa profonde blessure grâce à la pénicilline produite par Jin qui commence à sinquiéter davoir été emporté dans lhistoire. En effet, il va devoir opérer une hémorragie interne, mais comment faire sans léquipement dun chirurgien moderne ?

Ryôma Sakamoto décède et Jin est accablé de tristesse. Pendant ce temps, la guerre de Boshin fait rage, devenue inévitable suite au durcissement du conflit entre les anciennes armées du shogun et la nouvelle armée impériale. Electre 2015

À la demande du comédien de théâtre Kabuki Tanosuké Sawamura, Jin Minakata commence à traiter le comédien Kichijuro qui se meurt d'un empoisonnement au plomb. Afin de permettre à Kichijuro de remonter une dernière fois sur scène, Jin donne à celui-ci tous les soins possibles malgré des méthodes de traitement limitées et l'absence de remèdes, mais le miracle aura-t-il pour autant bien lieu ?! Consignant la vie ardente des gens d'Edo, ce "Chapitre de l'effervescence" ne saurait laisser indifférent !

Elaboré pour traiter le béribéri par régime alimentaire, le nouveau gâteau conçu par Jin commence à se vendre à travers tout Edo ! Aidé par la pièce de Kabuki s'inspirant de Nokazé, le cabinet "Chez Jin" se retrouve le vent en poupe... Mais dans ce contexte, quelle est donc la tâche secrète de première importance confiée par Ryojun Matsumoto, médecin de la cour des concubines ? Dans une Edo encore en paix, le destin de Jin va être mis à rude épreuve !!

Afin de soigner Shozan Sakuma, Jin Minakata s'est rendu à Kyoto où il éprouve le sentiment d'avoir été appelé pour accomplir quelque chose. Là-bas l'attendra en effet une rencontre avec l'un des principaux acteurs de la Restauration, Takamori Saïgo. Et c'est au cur d'une résidence où souffle la terrible agressivité de ceux du Satsuma envers lui que Jin se lance dans le traitement de l'appendicite de Saïgo. Une opération miraculeuse mettant en jeu l'avenir de la Restauration est sur le point de commencer !

Le médecin Jin Minakata s'interroge sur les implications éthiques de l'usage de la pénicilline. Mais alors qu'il pratique une opération à haut risque, il apprend que le stock de pénicilline vient de disparaître dans un incendie criminel.

Jin Minakata, 34 ans, responsable de la section neurochirurgie du CHU de Tôto, examine un patient, le soigne et découvre un foetus humain dans la tête. Après l'en avoir extrait, Jin commence à entendre une voix dans la sienne. Jusqu'au moment où, en chutant dans l'escalier du bâtiment, il atterrit au milieu de la forêt et tombe sur une bande de samuraïs en plein combat.

Jin se fait peu à peu à sa nouvelle vie. Son nouvel ami, Katsu Kaishu, l'emmène à Yokohama pour rencontrer des docteurs et discuter médecine occidentale. A son retour, Jin se retrouve confronté à une multitude de patients atteints par une terrible épidémie de choléra. Malgré toutes les précautions qu'il prend pour les soigner, Jin est aussi contaminé.

Transporté dans le temps à la fin de l'époque shogunale, le médecin Jin Minakata fait la connaissance de Ryoma Sakamoto qui l'entraîne dans le quartier des plaisirs de Yoshiwara. Mais chez les courtisanes se propage le mal de la vérole, ce qui décide Jin à se lancer dans un nouveau combat.