1969. Après avoir passé plus de dix ans à enseigner au Hunter College de New York, l'estimé docteur Jones, professeur d'archéologie, est sur le point de prendre sa retraite et de couler des jours paisibles. Tout bascule après la visite surprise de sa filleule Helena Shaw, qui est à la recherche d'un artefact rare que son père a confié à Indy des années auparavant : le fameux cadran d'Archimède, une relique qui aurait le pouvoir de localiser les fissures temporelles. En arnaqueuse accomplie, Helena vole l'objet et quitte précipitamment le pays afin de le vendre au plus offrant. Indy n'a d'autre choix que de se lancer à sa poursuite. Il ressort son fedora et son blouson de cuir pour une dernière virée...

À Whitby (Angleterre) en 1913, un navire fait naufrage. Le seul survivant est le comte Dracula, venu de Transylvanie avec pour seuls bagages des caisses emplies de sa terre natale. À Carfax Abbey où il réside, il fait la connaissance du directeur de l'asile le Dr Seward et de sa fille Lucy.

À la fois professeur d'université, archéologue et aventurier, Indiana Jones part à la recherche de l'Arche d'Alliance, convoitée par les nazis. En chemin, il retrouvera un ancien amour, Marion. Devant quitter précipitamment la Chine, Indiana Jones, accompagné d'une chanteuse et d'un gamin, est chargé par des villageois indiens de retrouver la pierre sacrée assurant leur bonne fortune. - Indiana Jones part à la recherche du Saint Graal après que son propre père ait disparu au cours de cette même quête. - 1957, en pleine guerre froide , Indy et son copain Mac (Ray Winstone) viennent tout juste d'échapper à une bande d'agents soviétiques à la recherche d'une mystérieuse relique surgie du fond des temps.