Le début d'un récit violent qui se déroule dans l'univers des ninjas. Le seigneur Tokugawa Leyasu, incapable de choisir un héritier parmi ses deux fils, décide de demander aux deux puissants clans ninjas, chacun représentant l'un de ses fils, de s'affronter jusqu'à la mort. Les ninjas de chaque clan sont Gennosuka et Oboro, qui s'aiment d'un amour profond et avaient décider de se marier.

La lutte impitoyable entre deux clans ninjas les Kôga et les Iga et la secte Jojin ! Il s'est écoulé une petite décade depuis la fin des combats entre les clans Ninjas. La paix est enfin revenue depuis les terribles affrontements qui ont vu s'opposer des deux clans ninjas de Kôga et d'Iga. C'est alors que des guerriers inconnus répondant au nom de "Messies de Jôjin" font leur apparition et agissent au nom du gouvernement du Shogunat et Tokugawa.