La lutte impitoyable entre deux clans ninjas les Kôga et les Iga et la secte Jojin ! Il faut récupéfrer les parties manquantes et ressusciter Hibiki ! Ninjas, libérez la puissance du "Ôka" Il s'est écoulé six ans depuis l'apparition des Messies de Jôjin. Une poignée de Ninhas des clans Iga et Kôga se sont rassemblés autour d'Hachirô Kôga afin de récupérer les parties manquantes du corps d'Hibiki Iga. Ils se rendent donc dans le chateau de Jôjin qui se trouve sur les bords du lac Biwa. Chaque Ninja va alors devoir affronter un adversaire extrêmement puissant. Le premier de leurs affrontements est sur le point de commencer !!

Le clan d'Iga pense avoir l'avantage après avoir commencé à décimer les membres du clan Koga sans que ceux-ci soient au courant de l'arrêt du pacte. Mais c'est sans compter sur les talents d'infiltration et de déduction d'O-Koï et de son frère Saémon, capable de prendre l'apparence de n'importe qui.