Yagharek, l'homme oiseau mutilé, croit tenir en Isaac celui qui saura enfin lui rendre ses ailes. Isaac vient de révolutionner les lois de la physique. Mais les gorgones avaleuses d'esprits, échappées des mains de Madras, plongent Nouvelle-Crobuzon dans une marée de cauchemars et transforment ses habitants en zombis.

La révolution gronde aux portes de Nouvelle-Crobuzon. Le gouvernement se fait de plus en plus répressif, l'économie est en plein chaos, et ses habitants luttent pour survivre. Bientôt, un complot est mené pour assassiner le maire, protégé par la Milice aux pouvoirs surnaturels. De son côté, un groupe de rebelles décide de trouver le maître des golems, Judas Bezalle, et le mystérieux Concile de Fer, un train mythique qui traverse les contrées désertiques loin de la ville. Seul le Concile de Fer pourra aider les révolutionnaires à prendre le contrôle de la cité. Mais la Milice veille. Judas et ses compagnons, humains et non humains, s'organisent autour du "train perpétuel" dont l'existence semble tant effrayer le maire et ses sbires...