Yato, jeune dieu à tout faire totalement inconnu et sans aucun admirateur, traque les ayakashi, créatures surnaturelles maléfiques qui cherchent à prendre possession d'un corps humain pour passer à l'acte. En lui sauvant la vie, Hiyori, jeune fille tout à fait ordinaire, se retrouve dotée de la faculté de distinguer ces fameux ayakashi. Quant à Yukine, adolescent mort à quatorze ans, il est embauché comme shinki (attribut divin) par Yato. Une histoire dont la richesse se révèle au fil des tomes.