L'instabilité politique de la Grande Ile favorise les activités illégales nuisibles à l'environnement. Des espèces rares sont menacées d'extinction.

Après le Mozambique, la deuxième expédition naturaliste du Muséum et de Pro-Natura International arpente les eaux froides de l'extrême sud de l'île, une zone jamais explorée jusque-là et qui révèle une formidable biodiversité.

Depuis une quinzaine d'années, une équipe franco-malgache développe une approche archéologique novatrice dans le nord-ouest de Madagascar, province de Mahajanga, afin de retracer le peuplement et les changements paléoenvironnementaux dans la grande île rouge.