L'arrêté ministériel du 25 mai 2016 s'en est pris directement à ce qui constitue la justification de l'Université comme institution de recherche : le diplôme de doctorat. Il faut désormais compléter la thèse par ce que l'improbable novlangue ministérielle nomme un « portfolio du doctorant », faisant la liste de toutes ses « activités » et « compétences » - on se croirait au collège. Le directeur de thèse est désormais soumis à la surveillance d'un « comité de suivi du doctorant » et ne peut plus participer aux délibérations du jury de la thèse qu'il a dirigée.