Al-Azhar est l'institution centrale du sunnisme depuis la chute du califat fatimide. Comme tous les établissements de formation confessionnels disposant d'un monopole du savoir, l'Université fut confrontée au défi de sciences profondément transformées entre les 17e et 19e siècles. Une ouverture partielle suivit un mouvement de rejet global : des étudiants furent envoyés en Allemagne, en France ou en Grande-Bretagne au cours de la première moitié du 20e siècle. Parmi eux, le shaykh al-Bahî acquit une position d'autorité au sein de l'Université réformée par Nasser.