Alors que les Yoshis vivaient paisiblement sur l'île oeuf, un petit être tombe soudainement du ciel : Bébé Mario ! Mais pourquoi est-il seul ? Où est passé son frère Bébé Luigi ?!? Hein ? Il a été enlevé par Bébé Bowser ?!? Yoshi décide alors de prendre Bébé Mario avec lui et de partir à sa recherche, pour le meilleur et pour le rire...