Après des études au conservatoire de Bruxelles avec Bosselet et Fétis, puis avec Louis Hanssens, directeur du théâtre de la Monnaie, il débuta dans la carrière de compositeur par des mélodrames flamands et un petit opéra, et remporta le prix de Rome belge, en 1857, avec le Meurtre d'Abel. Il voyagea en Allemagne et en France, et fut chef d'orchestre au théâtre des Bouffes-Parisiens. De retour en Belgique, il connut le succès avec une Messe solennelle et fonda à Anvers, en 1867, l'École flamande de musique, imposant le flamand comme langue unique et encourageant une musique qui reflétât l'esprit de la race. Son rôle fut, à la fois, culturel et politique. Benoit exerça une grande influence sur des compositeurs comme Mortelmans, Blockx, Wambach, etc. Sa musique, d'un lyrisme coloré, parcourue d'élans postromantiques et épiques, est une référence à laquelle le public est demeuré fidèle comme à celle d'un barde national. Outre ses œuvres pour orchestre et ses opéras flamands, Benoit est surtout connu pour de vastes partitions avec chœurs : De Schelde (l'Escaut), De Oorlog (la Guerre), Antwerpen (Anvers), etc.