Le lion Alex, le zèbre Marty, la girafe Melman, l'hippopotame Gloria, le roi Julien, Maurice et les pingouins rallient, au terme d'un vol chaotique, les vastes plaines d'Afrique. Les anciens pensionnaires du zoo de Central Park rencontrent pour la première fois leurs familles respectives. De nouvelles aventures les attendent sur la terre de leurs ancêtres.