La princesse Zelda a été changée en pierre par le maléfique Vaati. Pour mettre fin à cette malédiction, Link doit partir à la recherche des Minish vivant dans la forêt de Tyloria. Echoué sur la plage d'une île mystérieuse, Link reprend conscience, réveillé par la voix d'une fée. Avec son aide, il décide de partir à la recherche de Tetra, enlevée par d'étranges puissances maléfiques.