Du haut d'un bateau, une petite poupée tombe dans l'océan. Elle découvre une étonnante maison sous-marine à 100 étages où vivent toutes sortes d'animaux. Il y a l'étage des loutres, celui des dauphins, des crabes, des pieuvres, jusqu'au rez-de-chaussée où vit un gigantesque bernard-l'ermite. La Maison sous-marine aux 100 étages reprend le principe de La Maison aux 100 étages, et de La Maison souterraine aux 100 étages, en faisant découvrir aux enfants les animaux qui vivent sous l'eau.