On connaît la première bataille d'Alésia, qui vit en 52 av. J.-C. la défaite de Vercingétorix devant les troupes de César. On sait moins qu'il y en eut une seconde, commencée au XIXe siècle, lorsque la Bourgogne et la Franche-Comté se disputèrent la propriété du site.