Toujours hanté par son passé, Abe Sapien suit la trace de ses origines humaines jusque dans les îles indonésiennes où il localise les membres d'une étrange confrérie à laquelle il aurait appartenu, pendant la guerre civile américaine. Sur la base secrète du BPRD, les visions apocalyptiques de Lise se précisent et Johann Kraus fait une découverte inquiétante sur l'un des membres du Bureau.