Trois ans durant, le pouvoir communiste va survivre au départ de l'armée rouge. Mais l'Afghanistan n'intéresse plus ni l'URSS, qui se désintègre, ni les Etats-Unis, engagés sur d'autres fronts. C'est désormais le Pakistan - notamment les services de renseignement de son armée - qui mène seul le jeu. Il fait échouer les tentatives de réconciliation nationale. Les moudjahidins s'emparent de Kaboul en 1992, mais ils s'y déchirent violemment, les alliances variant en fonction de considérations qui n'ont rien de politiques. Le pays sombre dans le chaos et, en 1996, M. Oussama Ben Laden s'y installe. Quelques mois plus tard, les talibans, aidés par Islamabad, conquièrent Kaboul, exploitant l'abattement de la population, exaspérée par l'insécurité. Le régime qui s'y installe soutient Al-Qaiada, ce qui amène la communauté internationale à des sanctions dont les civils seront, une fois encore, les premières victimes.