Elément-clé de l'identité et du fonctionnement des mouvements de jeunesse, l'autonomie a constitué un enjeu fondamental de l'engagement des jeunes dans les partis politiques français au cours des années 68. Au-delà de la crise précoce de l'UEC, l'autonomie des jeunes a en effet été, dans toutes les organisations de jeunesse des partis (MJCF, UJP, PS, JRI), au coeur des rapports souvent conflictuels des jeunes avec leurs aînés. Dans la plupart des organisations, les jeunes obtinrent peu à peu davantage d'autonomie organisationnelle, financière, voire parfois politique. Toutefois, cette autonomie accordée aux jeunes ne constituait souvent aux yeux de leurs aînés qu'une concession passagère, sur laquelle ils ne tardèrent pas à revenir dès la fin des années 68. Contrairement à leurs homologues allemands, les partis français choisirent de conserver longtemps leurs jeunes sous tutelle. Il fallut attendre les années 1990-2000 pour voir la plupart des organisations de jeunesse françaises accéder à nouveau à l'autonomie. Cette évolution lente et tardive des modèles d'encadrement militants constitue une caractéristique de la culture politique des partis français dans l'après-guerre. Elle explique en partie l'influence limitée de « 68 » sur la vie politique française.