La campagne de Bonaparte en Egypte, en 1789, et son corollaire représenté par l'avènement de la civilisation européenne armée par sa science et sa philosophie en Orient sont perçus comme un moment crucial concernant la pensée musulmane de langue arabe. Pour la première fois dans l'histoire de la civilisation musulmane, plusieurs notions se voient confrontées à la conception moderne venue d'Europe. Durant les 19e et 20e siècles, des penseurs de langue arabe débattent sur la notion de science. Alors que certains empruntent la définition moderne indépendante de toute religion, d'autres restent attachés à une définition liée au religieux faisant du Coran l'arbitre ultime de toute science.