La quête initiale de Bernard Lavallé sur l'apparition de la conscience créole dans les ordres religieux de la vice-royauté du Pérou s'est poursuivie à travers la direction de plusieurs thèses et une recherche axée autour de l'Eglise et du phénomène créole dans l'empire hispanique. L'historien des mentalités du Nouveau Monde a exploré minutieusement les rapports entre conquête militaire et conquête spirituelle, préoccupation qui ne l'a jamais quitté, comme le prouve la parution ces dernières années de deux biographies majeures : "Francisco Pizarro : Le conquistador de l'extrême" (2004) et "Bartolomé de Las Casas : Entre l'épée et la croix" (2009), éditées en France, mais aussi en Espagne et en Amérique latine.