Chaque joueur gouverne l'une des 14 factions dont le but est de mieux se développer que ses adversaires. Terra Mystica est un monde surnaturel, où les habitants parviennent à transformer les terrains qu'ils peuplent. Chaque faction est liée à un type de terrain précis et ne peut construire ses infrastructures que sur son terrain natal. C'est pourquoi, au fil des siècles, chacune des factions dut développer des méthodes de terraformage. Tout au long de la partie, les joueurs devront s'étendre et construire des habitations. Toutefois, comme un joueur acquiert du pouvoir lorsqu'un adversaire construit une habitation ou améliore ses infrastructures qui lui sont adjacentes, tous devront chercher l'équilibre entre côtoyer ses adversaires et avoir suffisamment d'espace pour accroître son territoire. Une habitation est améliorée en plusieurs étapes en comptoir, en forteresse puis en temple. Un temple peut à son tour être amélioré en sanctuaire. Les habitations vous donnent des ouvriers. En améliorant vos infrastructures, vous augmentez vos revenus sous forme de pièces, de pouvoir ou de prêtres. En plus d'étendre son territoire et d'améliorer ses infrastructures, un joueur peut également progresser au sein des quatre cultes: le feu, l'eau, la terre et l'air. Cette progression est illustrée sur le plateau Cultes. En progressant à l'intérieur d'un culte, une action pourra acquérir diverses récompenses, notamment du pouvoir. A la fin de la partie, le joueur qui aura le mieux développé sa faction sera déclaré vainqueur.