Kazuya a intégré l'académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa sœur décédée. Les deux jeunes recrues traversent ensemble de nombreuses épreuves. Cette fois, Kazuya a été envoyé dans une autre dimension, dans le monde d'Elca, où il rencontre le sosie de Maria Lancelot. Pendant ce temps, sur Terre, l'Organisation Chevalier a décidé de se débarrasser une fois pour toutes de West Genetics...